浄土宗八総大本山の一つ。賀茂宮司の懇請によって浄土宗宗祖の法然上人が止宿し、念佛弘通、布教をされた地に創建されました。法然上人の恩を知る寺「知恩寺」と名付られ、賀茂社の神宮寺としての起源を持ちます。
元弘元年（1331）に都に疫病が流行した際、勅命により善阿空圓上人が宮中に参内し、七日七夜の念仏を修したところ功あって疫病が止みました。その念仏の数が百万遍におよんだことから「百萬遍」の勅号を、また弘法大師筆の大利剣名号の軸と五百四十顆の念珠を下賜されました。それ以来、諸祈願の際にはこの大利剣名号を掲げ、僧俗が輪になり念仏を称えながら大念珠を繰る「百萬遍大念珠繰り」として全国各地に広まりました。特に京都の人々からは「百萬遍さん」として親しまれ地名にもなっています。
重要文化財に指定されている御影堂や釈迦堂をはじめ、数多くの貴重な文化財を所蔵しています。

正式名称は「長徳山功徳院百萬遍知恩寺」と号します。もとは賀茂社の社領とされた今出川の北に「賀茂の河原屋」と呼ばれる草庵があり、賀茂宮司の懇請により浄土宗宗祖の法然上人が止宿し、念佛弘通、布教の地としました。法然上人滅後、弟子の勢観房源智上人が師匠を敬慕し第二世となり、その地に堂宇を建立し法然上人の恩を知る寺「知恩寺」と名付けたことに始まり、賀茂社の神宮寺としての起源を持ちます。
元弘元年（1331）、都に疫病が流行した際、第八世の善阿空圓上人が御所で七昼夜の不断念佛を行い、百萬遍の念佛を称えて疫病を退散させた功績によって、時の帝である後醍醐天皇から「百萬遍」の寺号を賜りました。その後、戦火等による幾度かの移転を経て、寛文元年（1661）に現在地へと移ます。
御影堂（大殿）には正面に法然上人四十三歳頃の姿を現したと伝える御影を安置しています。境内には御影堂の他、釈迦堂、阿弥陀堂等、諸堂九棟が国の重要文化財に指定されるなど、数多くの重要文化財を含む宝物を所蔵します。