曼殊院門跡は京都五箇所門跡のひとつで洛北屈指の名刹です。門跡というのは、皇室一門の方々が住職であったことを意味し、勅使門の両側の塀に残る五本の白い筋はその格式を今に伝えるものです。

延暦年間（728～806）、宗祖伝教大師最澄により、鎮護国家の道場として比叡の地に創建されたのが曼殊院のはじまりです。
その後、天暦年間（947～957）是算国師のとき北野天満宮が造営されると、是算国師が菅原家の出生であったことから、初代別当職に補され、以後明治維新まで900年間曼殊院は北野別当職を歴任しました。
天仁年間に北野天満宮管理のため北山に別院を建立。その後、御所内公家町に移転し、明暦二年（1656）になり、桂離宮を創始された、八条宮智仁親王の第二皇子良尚法親王が入寺され、現在の地に堂宇を移し造営されたのが今日の曼殊院です。
良尚法親王は曼殊院造営の際、桂離宮を完成させたといわれる兄智忠親王のアドバイスを受けて建設され、桂離宮同様当時ヨーロッパで大流行した黄金分割が採用されています。曼殊院の瀟洒で、軽快な大書院・小書院は数奇屋風書院の代表的な遺構とされています。
また書院の釘隠しや引き手、欄間などが桂離宮と共通した意匠がみられ、同じ系列の工房で作られた物で、これらにより曼殊院は『小さな桂離宮』といわれています
書院庭園は武家の庭や寺院の庭とも違う、いわゆる公家好みの庭となっています。
曼殊院には過去後水尾上皇や霊元天皇、近年では皇太子殿下、秋篠宮両殿下 、常陸宮両殿下、平成24年には天皇皇后両陛下に行幸啓いただいております。