百人一首にも詠われた小倉山のふもとに広がる二尊院。紅葉の名所と名高く、千二百年の時を超えて美しい景観に包まれてきました。二尊院はその名の通り、「釈迦如来」と「阿弥陀如来」の二尊を祀る寺院であり、正式には「小倉山二尊教院華臺寺」といいます。開創したのは承和年間（834～848）のこと。嵯峨天皇の勅願により慈覚大師が建立しました。明治維新までは天台宗・真言宗・律宗・浄土宗の四宗兼学の道場でしたが、明治以降 は天台宗に属しています。約五万坪の境内には、本堂、勅使門（唐門）、総門、八社宮、湛空廟、鐘楼が配されており、重要文化財の本尊二尊をはじめ、多くの寺宝が京都市指定文化財として残されています。二尊院と関わりのある天皇（嵯峨天皇、土御門天皇、後土御門天皇、後嵯峨天皇、亀山天皇）の御分骨を納めると伝わる三帝陵があり、また、法然上人ゆかりの寺として二十五ヵ霊場の第十七番札所となっています。

二尊院の歴史は、嵯峨天皇の勅願により第三代天台座主（円仁）が承和年間（834～848）に建立したことにはじまります。
鎌倉時代の初期には、法然上人（1133～1212）が二尊院に住んで法を説かれ、関白九条兼実公（1149～1207）を筆頭に多くの信望を集めて栄華を迎えました。
第三世の湛空上人は、土御門天皇（在位1198～1210）と後嵯峨天皇（在位1242～46）の戒師（仏門に入るときに戒を授ける師僧）となり、また第四世の叡空上人も後深草天皇（在位1246～59）、亀山天皇（在位1259～74）、後宇多天皇（在位1274～89）、伏見天皇（在位1287～98）の四帝の戒師となり、二尊院はますます栄えました。
応仁の乱（1467～77）の兵火で諸堂は全て焼けましたが、永和十八年（1521）に第十六世恵教上人（後奈良天皇の戒師）のときに、三条西実隆公が諸国に寄付を求めて本堂・唐門を再建しました。
南北朝の頃より明治維新まで、「黒戸四ヶ院」の一寺として京都御所御内仏殿をお守りしていた関係上、旧宮家である鷹司家・二条家・三条家・四条家・三条西家・嵯峨家、そして江戸時代初期の豪商である角倉了以の一族、江戸時代の儒教学者である伊藤仁斎の一族などの墓所があります。
古来より天台宗・真言宗・律宗・浄土宗の四宗兼学の道場として栄えましたが、江戸時代後期より天台宗に属しており、「嵯峨三名跡」の一ヵ寺に数えられます。
奈良の仏師によってつくられた本尊二尊は重要文化財に指定されており、現存する本堂、総門、八社宮、湛空上人廟は京都市指定文化財になっています。平成二十八年（2016）には、平成の大改修として本堂が再建され、新たな歴史を刻んでいます。