清凉寺は通称 嵯峨釈迦堂と申しますように、ご本尊はお釈迦様です。
清凉寺の開山、奝然（ちょうねん）上人は、平安時代の末、永観元年（983）に中国に渡りました。奝然は、天台山からさらに五台山に巡拝し、宗の都汴京（べんけい）[開封]に到着して当時啓聖禅院に安置されていた、優塡王（うてんおう）思慕の、釈迦三十七歳のみ姿をそのままに伝えるという釈迦栴檀瑞像（せんだんずいぞう）を拝しました。そののち許されて新たに如来像を彫して海を渡り、多くの困難にもかかわらず尊像を招来して京都に帰還したのは、一条天皇寛和３年（987）のことでありました。それ以来、このお釈迦様を本尊として、清凉寺は発展してまいりました。

本尊　赤栴檀の釈迦如来（国宝）

清凉寺は「源氏物語」の光源氏が造営した「嵯峨の御堂」に目される寺院です。それは清凉寺の本尊釈迦如来像が古来より多くの人々に信仰を集めてきたことに由来しています。
そのことはまた、「如来二伝のおんかたみのむつまじさに、嵯峨の清凉寺にもうでて……」の序文に始まる増鏡や、宝物集・謡曲百万にかたられていることからもうかがえます。本尊釈迦如来は、古来釈尊37歳の生身のお姿を伝えた霊像として厚く信仰をあつめています。この尊像を北宋より請来した（約千年前）開祖東大寺の奝然法橋が、尊像内に謹封した五臓六腑・願文・経巻等々（すべて国宝）の発見により、まさに生身仏であることが実証されました。おん丈は等身大の檀像で顔貌・衣文の様式等、マツラ式に似たインド古式の様相を伝えています。

釈迦堂縁起（狩野法源元信絵・青蓮院尊応法親王詞書六巻）（重文）(寄託）

この尊像の成立・中国への伝来・中国での尊崇については、奝然に随侍して入宋した盛算が開封で写した開宝寺永安院本の「優塡王所造栴檀釈迦瑞像歴記」（仏教全書遊方伝所収）に詳しく記されていますが、いまこの絵巻物には、更に尊像の日本請来・清凉寺建立・信仰と霊験の数々を加えて詳細に画き出しています。いま大要を述べますと、仏が忉利天宮へ母なる摩耶夫人のために法をときにのぼられたとき、仏によって大きな自覚をあたえられ、ともに生かされていた人々がよりどころを失い、なかでも優塡王や信者たちは、慈母に離れた子供のように寂しさにたえかねたので、王は名工毘首羯摩天に嘱して、栴檀の香木で仏の尊容を模したてまつらしめた。仏がお帰りになって自分と寸分ちがわぬ尊像を御覧になってよろこばれ、われ亡きのちは自分にかわって人々を済度すべきであると、みずから御開眼になったと伝えらています。のちに鳩摩羅琰三蔵がこの像を奉じてヒマラヤの嶮をこえて亀茲国に至り、次いで鳩摩羅什によって長安に伝えられ、更に南朝から隋唐をつうじて、楊州開元寺に奉安せられたが、唐が滅んでから一時南京にあり、北宋の統一になって都の開封にうつされ、奝然入宋のときは、帝室の廟寺である啓聖禅院に安置されていました。この歴記の内容につけ加えて、奝然は仏の真容を是非日本に伝えたいことを太宗にお願いし、香木を求め生身の釈迦の信仰から、五臓六腑等をも胎内に封じた模像を完成しました。ときに奝然の霊夢に仏がわれをともなって日本に渡れとの言葉とともに真仏と模像とが台座をかわられたといいます。かくて奝然は釈尊が親しく「摩頂開眼」せられた尊像を日本にお迎えすることが出来たのです。

開　　　　　創

この尊像の請来は、一条天皇の永延元年（987）で、同時に奝然入宋のときにできた世界で最初の大印刷物である蜀版一切経五千四十巻（現存せず）、十六羅漢画（国宝）、五台山文珠画像（現存せず）等も請来しています（小右記に詳しい）。奝然は愛宕山を中国の五台山に模して、大清凉寺の建立をはかったが、事ならず、弟子盛算が山麓の嵯峨天皇の皇子左大臣源融の山荘を仏寺にした棲霞寺内の釈迦堂に奉安したのが創めであります。

棲霞寺の弥陀三尊　（現在は霊宝館に収蔵）(国宝）