妙蓮寺は、日蓮大聖人より京都布教のご遺言を託された日像聖人が入洛し、初めて草履を脱いだ道場です。日像聖人により日蓮聖人の御教えは京都へ伝わり広まりました。京都で最初のお題目道場です。

大本山妙蓮寺は、宗祖日蓮大聖人より帝都弘通宗義天奏の遺命を受けた日像聖人によって、 永仁２年（１２９４）に創建されました。
日像聖人が遺命を果たすため鎌倉より京都へ上られた時、 五条西洞院の柳酒屋は深く聖人に帰依し、未亡人は邸内に一宇を建立して聖人を請じ、卯木山妙法蓮華寺と称します。これが妙蓮寺の縁起です。（柳の字を二つに分けて卯木山という。）
その後、たびたびの法難にあいますが、応永年間（１４２０年頃）本勝迹劣、本迹一致の論争を 契機に妙顕寺を退室した日慶聖人によって柳屋の地に本門八品門流として再興されました。
その後、寺域を堀川四条に移し、皇室ならびに伏見宮家と関係深い日応僧正を迎えるにおよび、 皇族始め足利将軍義尚等の参詣多く、また今出川家の公達日忠聖人は、三井寺より改宗して 当寺に投じて学室道輪寺を創立し、本化教学の道場を開きます。
ここにおいて当寺の法運は隆昌 を極め、山門の様式も格式高いものとなりました。
天文５年（１５３６）には、法華宗の隆昌を妬む比叡山天台宗を筆頭に諸宗の僧俗１０万人に よって襲撃され、妙蓮寺をはじめとする日蓮聖人門下２１本山は、ことごとく灰燼に帰し堺 に立ち退きます。
天文１１年（１５４２）大宮西北小路に復興され、天正１５年（１５８７）には、豊臣秀吉の聚楽 第造営に際して現在地に移転しました。
当寺は、１k㎡の境内に塔頭２７ヶ院を有する大寺院で あったが、天明８年（１７８８）の大火によって、そのほとんどが焼失し、わずかに宝蔵・鐘楼 を残すのみとなります。
寛政元年より漸次復興して、現在に至り、塔頭８ヶ院を残しています。