臨済宗建仁寺派の寺院で、境内に聳える五重塔は古くより、「八坂の塔」と呼ばれ親しまれてきました。
八坂の塔は内部に入ることができるうえに、特別公開時には塔の二階層目まで拝観することが可能。上層階を拝観できる唯一の重要文化財指定を受ける五重塔です。

寺伝によると、聖徳太子が夢の中で如意輪観音からお告げを賜り、崇峻天皇2年（589）心柱の礎石に仏舎利（釈迦の遺骨）三粒を納めた五重塔を建造したのが始まりとされています。
聖徳太子開基説は『山城州東山法観禅寺仏舎利塔記』（暦応元年（1338年））にみられ、近世の地誌類はこれを踏襲している。創建時の伽藍は四天王寺式伽藍配置または法隆寺式伽藍配置だったと考えられている。聖徳太子創建の伝承は信憑性に疑いがあるものの、平安京遷都以前から存在した古い寺院であることは確かとされており、朝鮮半島系の渡来氏族・八坂氏の氏寺として創建されたという見方が有力である。境内から出土する瓦の様式から、創建は7世紀にさかのぼるとみられる。現存する五重塔は15世紀の再建であるが、創建時の塔跡に建てられており、古代寺院に特有の地下式の心礎（心柱の礎石）が残っている。寺号は当初は八坂寺と称され、八坂寺の文献上の初見は『続日本後紀』承和4年（837年）条である。
『延喜式』には、大膳職から盂蘭盆供養料を給される七寺の一として八坂寺の名がある。五重塔は平安時代末期の治承3年（1179年）に清水寺と祇園社（八坂神社）との争いに巻き込まれて焼失したが、建久2年（1191年）に源頼朝の援助により再建された。その後正応4年（1291年）に落雷で焼失し、延慶2年（1309年）に後宇多天皇の援助で再建。現在の塔は永享8年（1436年）の焼失後、同12年（1440年）に将軍足利義教の援助により再建されたものである。
その間、仁治元年（1240年）に建仁寺8世の済翁証救が入寺して中興し、臨済宗建仁寺派に属する禅寺となる。さらに暦応元年（1338年）より、夢窓疎石の勧めによって足利尊氏が全国に安国寺、利生塔を建てたが、都の利生塔としてはこの塔を充て仏舎利を奉納した。
戦国時代には、地方から上洛した大名が当寺に定紋入りの旗を掲げることによって、誰が新しい支配者・天下人になったかを世人に知らせたという。また、大島光義が豊臣秀次の命でこの塔の窓に矢を十本射込んで見せたという。