修験道・山伏の総本山です。
宗祖は約1380年前の役行者神変大菩薩で、白河上皇「熊野詣」先達の功績により増誉大僧正が賜った寺院です。後白河天皇の皇子静恵法観王が宮門跡として入寺以後、皇室とゆかりの深い寺院です。

天台の第５代座主、智證大師円珍（814－91）が、 熊野那智の滝に一千日篭居をされた後、熊野より大峰修行を行われました。
その後大師の後を継ぎ、常光院の増誉大僧正が大峰修行を行われ、 修験僧として名をはせました。
この増誉大僧正は、寛治４年（1090）の白河上皇が熊野三山を参詣する熊野御幸に際して先達を務められ、その功績によって聖体護持の２字をとり、 聖護院という寺を賜ったのが聖護院の始まりになります。

増誉大僧正は、この時熊野三山検校職に任命され、 本山派修験の管領として全国の修験者の統括を命じられ、 聖護院の最盛期には全国に２万余の末寺をかかえる一大修験集団となりました。
この後上皇によって行われた熊野御幸の案内は代々聖護院大先達が勤め、 「伊勢へ七たび　熊野へ三たび　愛宕まいりは月まいり」と言われるほど、熊野詣は盛んになり、また愛宕山も修験の行場として栄えました。

後白河天皇（1156－58）の皇子、静恵法親王が宮門跡として入寺されてより後、 明治維新まで３７代門主のうち、２５代は皇室より、１２代は摂家より門跡となられた皇室と関係の深い寺院です。
しかし応仁の乱で焼失、洛北岩倉へ移ったのですが再び火災に遭ってしまいます。
その後市内烏丸今出川に建てられた伽藍も延宝の大火で延焼、同４年（1676)に旧地に復しました。
現在の建物はこの時のものですが、役行者一千三百年御遠忌を記念し、 全国の教信徒の協力を得て数年をかけ修理、平成１２年に完成しました。