空也上人が建立した真言宗智山派の寺院。空也上人は醍醐天皇の皇子で、創建は天暦5年（951）に都に流行していた悪疫退散のため、自ら十一面観音像を刻んで市中を曳き廻り、病人に茶を授け歓喜踊躍して病魔を鎮めたという。その茶は皇服茶、踊躍は六斎念仏として今に伝えられています。西国三十三所霊場の第十七番札所でもあります。宝物館には地蔵菩薩像をはじめ、空也上人像、平清盛像、運慶像、湛慶像など鎌倉時代を代表する木造彫刻の仏像を安置しています。

六波羅蜜寺は、天暦5年（951）醍醐天皇第二皇子光勝空也上人により開創された西国第17番の札所である。

当時京都に流行した悪疫退散のため、上人自ら十一面観音像を刻み、御仏を車に安置して市中を曵き回り、青竹を八葉の蓮片の如く割り茶を立て、中へ小梅干と結昆布を入れ仏前に献じた茶を病者に授け、歓喜踊躍しつつ念仏を唱えてついに病魔を鎮められたという。（現在も皇服茶として伝わり、正月三日間授与している）

現存する空也上人の祈願文によると、応和3年8月（963）諸方の名僧600名を請じ、金字大般若経を浄写、転読し、夜には五大文字を灯じ大萬灯会を行って諸堂の落慶供養を盛大に営んだ。これが当寺の起こりである。

上人没後、高弟の中信上人によりその規模増大し、荘厳華麗な天台別院として栄えた。平安後期、平忠盛が当寺内の塔頭に軍勢を止めてより、清盛・重盛に至り、広大な境域内には権勢を誇る平家一門の邸館が栄え、その数5200余りに及んだ。寿永2年（1183）平家没落の時兵火を受け、諸堂は類焼し、独り本堂のみ焼失を免れた。

源平両氏の興亡、北条・足利と続く時代の兵火の中心ともなった当寺はその変遷も甚だしいが、源頼朝、足利義詮による再興修復をはじめ火災に遭うたびに修復され、豊臣秀吉もまた大仏建立の際、本堂を補修し現在の向拝を附設、寺領70石を安堵した。徳川代々将軍も朱印を加えられた。

現本堂は貞治2年（1363）の修営であり、明治以降荒廃していたが、昭和44年（1969）開創1,000年を記念して解体修理が行われ、丹の色も鮮やかに絢爛と当時の姿をしのばせている。

なお、解体修理の際、創建当時のものと思われる梵字、三鈷、独鈷模様の瓦をはじめ、今昔物語、山槐記等に記載されている泥塔8,000基が出土した。重要文化財の質、量において文字どおり藤原、鎌倉期の宝庫と謂われる所以である。